Друга Чеченська війна (1999-2009 рр.)

Після фактичної поразки Росії у першій російсько-чеченській війні численні російські політичні кола, особливо військові, висловлювали невдоволення результатами Хасав'юртівських угод, вважаючи, що «чеченську проблему» не вирішено, а тільки відкладено. Висловлювалися небезпідставні побоювання, що приклад Чечні наслідують і інші національні автономії та народи, які були історично приєднані до Росії силоміць. Водночас незалежність молодої незалежної держави Ічкерія не отримала міжнародної підтримки у вигляді визнання її суверенітету провідними світовими державами та ООН.

У період 1996—1999 років Чечня була фактично незалежна від Росії. Проте в країні наростали економічні та політичні негаразди, пов'язані з наслідками війни та післявоєнної кризи. В Чечні сталося кілька гучних викрадень — іноземних та російських діячів з вимогами викупу. Особливо резонансним було викрадення та замордування чотирьох співробітників британської фірми «Грейнджер телеком». Також діяло багато непідконтрольних уряду воєнізованих формувань. Одне з них під командування Шаміля Басаєва в серпні 1999 розпочало бойові дії на території Дагестану. Виступ придушили і російське командування, використавши це, як привід для вторгнення, остаточно вирішило розпочати другу військову кампанію проти Ічкерії, яка була не менш кривавою ніж перша.

Ще одним приводом поновлення війни стала низка терористичних актів, коли в результаті чотирьох вибухів у Буйнакську 4 вересня, у Москві 9 та 13 вересня, і у Волгодонську 16 вересня 1999 року загинуло 307 осіб, понад 1700 дістали поранення різного ступеня тяжкості. Влада поклала відповідальність за них на північно-кавказькі терористичні групи, хоча незалежні дослідники доводили, що за організацією терактів стояла Федеральна служба безпеки РФ.

Регулярна війна (вересень 1999 — лютий 2000 рр.)
18 вересня кордони Чечні було повністю блоковано російськими військами. З 20 вересня російська авіація розпочала бомбардування території Чечні, зокрема, за один день 24 вересня було здійснено 70 вильотів.

23 вересня президент Росії Борис Єльцин підписав секретний указ № 1255с «Про заходи щодо підвищення ефективності контртерористичних операцій на території Північно-Кавказького регіону Російської Федерації» (розсекречений у 2001 році). Указ передбачав створення Об'єднаного угруповання військ на Північному Кавказі для вторгнення в Ічкерію. Наземна військова операція в Чечні розпочалася 30 вересня 1999 року.

На початку кампанії російське керівництво всіляко давало зрозуміти, що засвоїло уроки Першої війни. Головним чином це стосувалося інформаційного супроводження війни і тактики її ведення. Російських військ було більше, серед них було більше досвідчених частин, і вони намагалися уникати втрат серед особового складу. Для цього перед введенням до бою піхоти проводилася тривала артпідготовка та повітряні бомбардування. Це уповільнювало темпи операції, але поспішати росіянам не було потреби. Повільно просуваючись вглиб території Чечні, спочатку вони намагалися встановити контроль над північною її частиною (до річки Терек) і утворити таким чином буферну зону. Однак пізніше, в другій половині жовтня, російські війська перейшли річку Терек і почали підготовку до штурму Грозного. Збройні сили Ічкерії відступили до столиці та в гори. На цих рубежах вони сподівалися організувати серйозну відсіч ворогові.

За листопад-грудень росіянами було захоплено Гудермес, Ачхой-Мартан, Аргун, Урус-Мартан, Ханкалу, Шалі.

Операція по захопленню чеченської столиці розпочалася почалася 26 грудня і тривала до 6 лютого 2000 року. Вона тривала близько трьох місяців та коштувала російським військам серйозних втрат. Джерела суттєво розходяться щодо точної кількості, але в середньому щоденні втрати можна оцінити приблизно в 40-50 солдат.

Тривалі обстріли майже зрівняли Грозний із землею. Врешті, столицю було взято, частина чеченських загонів залишила місто, інші загинули.

Після чеченського контрнаступу на Шалі та Аргун на початку 2000 року було оголошено про припинення наступу військ РФ. Після зайняття ними цих міст бої продовжилися. За січень-лютий 2000 року війська РФ захопили Ножай-Юрт, Ведено, Сержень-Юрт, Аргунську ущелину, Ітум-Кале і Шатой.

Наприкінці лютого блоковані в Аргунській ущелині повстанці спробували вирватися з оточення федеральних військ двома великими групами. Перша група на чолі з Басаєвим та Хаттабом натрапила на позиції 6-ї роти 104-полку ПДВ на висоті 776, де відбувся великий бій. 6-а рота була розромлена, 84 із 90 російських десантників загинули за одну ніч.

Друга група на чолі з Гелаєвим 5 березня зайшла в село Комсомольське. У боях за Комсомольське російське командування ціною величезних втрат повернуло контроль над селом за два тижні. Гелаєв зміг вирватися з оточення.

Партизанська війна (з березня 2000)
З весни 2000 року центр опору російським військам перемістився в гори, де розгорнулись активні партизанські дії.

20 квітня 2000 року заступник начальника Генштабу Росії Валерій Манілов заявив, що широкомасшабна військова кампанія в Чечні закінчена. 23 січня 2001 Путін вирішив частково вивести війська з республіки. Однак в Чечні і в сусідніх регіонах усе одно було неспокійно.

Окрім застосування війської сили, Кремль зробив ставку на переманювання на свій бік відомих чеченців. Після того, як президента Ічкерії Аслана Масхадова усунули від влади, на чолі промосковської адміністрації став колишній головний муфтій Ічкерії Ахмат Кадиров. Проти повстанців воювали як російські підрозділи, так і прокремлівські чеченські формування — кадирівці, а також спецбатальйони «Схід» і «Захід» під командуванням Суліма Ямадаєва і Саїд-Магомеда Какієва.

Чеченські повстанці провели кілька масштабних рейдів, включаючи напад на друге за величиною місто Чечні Гудермес у вересні 2001 року і атаку загону Гелаєва на Інгушетію в вересні 2002 року.

Наприкінці 2003 року спроба Руслана Гелаєва потрапити в Панкіську ущелину (Грузія) через територію Дагестану призвела до двомісячного збройного протистояння із застосуванням важкої техніки і авіації. Більшість повстанців та сам Гелаєв загинули.

Одною з найкращих диверсійних операцій чеченських повстанців був рейд на Назрань у червні 2004 року, коли цілі операції були досягнуті з мінімальними втратами.

В результаті теракту в Грозному 9 травня 2004 року загинув промосковський президент Чечні Ахмат Кадиров.

У березні 2005 року в ході спецоперації ФСБ в селі Толстой-Юрт загинув президент Ічкерії Аслан Масхадов.

У червні 2006 року в Аргуні був знищений його наступник Абдул-Халім Садулаєв. Наступний лідер чеченського спротиву Доку Умаров оголосив в жовтні 2007 року про скасування Ічкерії та створення Імарату Кавказ.

За оцінками правозахисної організації Amnesty International, Друга російсько-чеченська війна супроводжувалася систематичними порушеннями прав людини, включно з позасудовими стратами і тортурами, які здійснювалися як співробітниками силових структур, так і чеченськими повстанцями. Велика частина злочинів залишається безкарними, хоча в окремих випадках постраждалим вдалося отримати компенсацію від російського уряду за рішеннями Європейського суду.

В ході найактивнішої фази Другої чеченської війни, в 1999—2002 роках загинули 4572 і були поранені 15549 військових російської армії. Втрати МВС РФ у 1999—2003 — 1055 осіб.

З 1999 по 2009 рр. загальні втрати силовиків РФ — понад 6000 осіб, Чечня втратила від 3 600 до понад 15 000 бійців. 

Втрати серед мирного чеченського населення оцінюються в 10 000-20 000 жителів, 5 000 зникли без вісти.

Загальні оцінки загиблих (цивільних, бойовиків та військових) різняться від десятків до 100 тисяч осіб.